1. Gelombang kekerasan milisi yang menyapu Timor Timur tahun 1999, berpuncak pada deportasi dan penghancuran bulan September, bukanlah tindakan spontan mereka yang mendukung integrasi, tetapi hasil dari keputusan jenderal-jenderal TNI untuk menghadapi dukungan rakyat yang kuat pada kemerdekaan, dengan cara intimidasi dan kekerasan, dan mencegah hilangnya provinsi ini dari Republik Indonesia. Kampanye penghancuran besar-besaran, deportasi, dan pembunuhan pada bulan September pada esensinya adalah operasi yang direncanakan dan dijalankan oleh TNI, dengan partisipasi milisi, untuk menghukum orang-orang Timor Timor yang memilih menentang integrasi.
2. Sementara sejumlah pro-integrasionis, khususnya pemimpin-pemimpin seperti Gubernur Abílio Soares, João Tavares, dan Eurico Guterres, bersemangat menyambut pembentukan milisi dan agenda operasinya, minoritas pendukung integrasi dengan Indonesia tidak mau menggunakan kekerasan untuk mengejar tujuannya.
3. Sejumlah perwira tinggi TNI yang disebutkan dalam laporan ini tidak hanya mensponsori pembentukan milisi, memberikan latihan, senjata, uang, dan dalam beberapa kasus narkotika, mereka juga mendorong kekerasan, dan mengorganisir gelombang perusakan dan deportasi yang terjadi antara 5 dan 20 September. Saya sependapat dengan para penulis laporan KPP HAM INdonesia yang memandang bahwa tidak bisa dibayangkan bahwa Jenderal Wiranto, panglima angkatan bersenjata Indonesia, tidak mengetahui operasi besar-besaran yang dilancarkan oleh jenderal-jenderal bawahannya. Bobot operasi dan besarnya sumberdaya yang diperlukan untuk melaksanakannya, pasti untuk menjalankannya sekurang-kurangnya diperlukan persetujuan darinya.
4. Gelombang kekerasan melahirkan kejahatan berat terhadap kemanusiaan. Kejahatan ini meliputi: pembunuhan, termasuk pembunuhan massal, penyiksaan, penculikan, serangan seksual, dan serangan terhadap anak-anak, serta deportasi massa, dan dislokasi paksa. Kejahatan terhadap kemanusiaan juga meliputi penghancuran besar-besaran tempat tinggal, dan pelayanan dasar untuk menegakkan hak dasar rakyat Timor Timur atas kesehatan dan pendidikan. Selain itu juga terjadi pencurian besar-besaran harta benda rakyat Timor Timur.
5. Akibat dari kejahatan-kejahatan ini Timor Timur tidak memiliki infrastruktur, dengan kota-kota dan desa-desa yang hancur. Perkembangannya mundur lebih dari satu generasi.
6. Dengaan berlanjutnya penahanan paksa orang-orang Timor Timur di kamp-kamp pengungsi di Timor Barat yang ingin kembali ke kampung halaman mereka, salah satu kejahatan berat terhadap kemanusiaan yang dibahas dalam laporan ini, kenyataannya masih dilakukan.
7. Kegagalan Pemerintah Indonesia sampai sekarang untuk mengajukan orang-orang yang bertanggungjawab atas kejahatan di Timor tahun 19991 ke pengadilan adalah sesuatu yang menimbulkan kekecewaan besar. Pada pihak lain, upaya orang-orang yang menyusun laporan KPP HAM harus diberi penghargaan yang besar karena komitmen, kejujuran, dan ketidakmemihakan mereka.
Rekomendasi
Harus dilakukan usaha-usaha untuk menetapkan kesalahan orang-orang yang bertanggungjawab, atau bersama-sama bertanggungjawab melakukan kejahatan-kejahatan yang dilakukan 1999, dan memulai tindakan untuk mengadili mereka. Perhatian khusus harus diberikan pada penyelidikan peran komandan-komandan TNI, dengan maksud untuk menetapkan dakwaan terhadap orang-orang yang bertanggungjawab atas kejadian-kejadian 1999. Untuk memenuhi tantangan ini, yang membawa implikasi politik dan diplomatik yang peka, perubahan struktural harus dilakukan terhadap bagian-bagian yang sekarang ini menangani masalah-masalah ini, yaitu Kantor Penuntut Umum dan Unit Penelidikan Kejahatan Serius.
Pengadilan milisi Timor Timur yang sekarang ditahan di Dili harus dipercepat. Dalam menilai kasus mereka diperlukan pemeriksaan yang hati-hati mengenai dampak struktur komando milisi/TNI terhadap tindakan mereka, dan faktor kesalahan bersama.
Ketika tidak ada kemajuan di Indonesia ke arah diadilinya orang-orang yang bertanggungjawab atas kejahatan yang terjadi di Timor Timur tahun 1999, harus segera dilakukan langkah lain untuk merundingkan pembentukan pengadilan internasional untuk keperluan ini.
Persoalan reparasi, atau suatu bentuk kompensasi, dalam hubungan dengan penghancuran besar-besaran tempat tinggal dan gedung-gedung yang berfungsi untuk kesejahteraan rakyat, serta pencurian besar-besaran dan terorganisir terhadap harta benda, harus diletakkan di tempat penting dalam agenda, dalam perundingan-perundingan dengan Pemerintah Indonesia.
Suatu penyelesaian untuk posisi pengungsi Timor Timur di Timor Barat adalah masalah yang sangat penting, karena orang-orang yang ditahan bertentangan dengan keinginan mereka merupkan korban dari kejahatan berat. Karena itu, usaha Administrator Transisi UNTAET dan UNHCR untuk menyelesaikan masalah ini harus mendapatkan dukungan yang lebih kuat dari masyarakat internasional.
Sementara laporan ini memusatkan perhatian pada kejadian-kejadian 1999, ketika melakukan penelitian ini tuduhan terus-menerus tentang kejahatan berat terhadap kemanusiaan, yang meliputi pembunuhan massal, sejak Timor Timur diinvasi pada tahun 1975 meminta perhatian saya. Saya sepakat dengan laporan KPP HAM (rekomendasi 27) yang menyerukan dilakukannya penyelidikan menyeluruh tentang apa yang terjadi dan siapa yang bertanggungjawab. Kejahatan yang paling berat, seperti pembantaian Craras dan Santa Cruz, adalah kejahatan yang bobotynya sedemikian rupa sehingga harus mendapat perhatian dari masyarakat internasional secara keseluruhan.
Tindakan yang berhubungan dengan masalah-masalah ini sangat penting bagi pemenuhan mandat UNTAET di Timor Timur, dan bagi perkembangan hubungan yang harmonis antara negara baru ini dengan Indonesia